◆ 1-微生物取樣：由于許多微生物在瓊脂平板上可重復生長，因此第一步是找到正確的培養條件。采用在瓊脂平板上培養細胞這一簡單而常見的技術，可實現便捷的樣品制備。例如，細菌先在瓊脂平板上不同細胞密度的象限中培養16-24小時，可獲得非常可靠的結果。僅從第三象限采集菌落。研究發現，該方法成功的關鍵在于收集條件的標準化以及瓊脂平板上細菌生長的一致性。也可以進行一些改進，(如改用液體培養基、或改變培養時間/溫度)。但須確保所有測量均在相同條件下進行，以獲得可靠結果。

◆ 2-細菌測量技術：用于微生物鑒定的技術需要簡單且具有很高的可重復性。當微生物溶液緩慢干燥時，微生物細胞會產生固體生物膜。通過優化這一過程，得到了一種易于操作的樣品制備程序，并且滿足紅外測量所需的可重復性。紅外光穿透生物膜，被細胞中存在的不同分子部分吸收，產生每種被測菌株特有的化學指紋。

對于FT-IR微生物鑒定，我們最關心的問題是結果的準確度，其關鍵取決于參考譜庫的質量。微生物的譜庫不同于一般的譜庫，為了保證結果的可靠性，需要在標準化的條件下建立系統化的譜庫。

首先，需要確保微生物的可重復培養。培養基，培養條件(如時間，溫度)和樣品預處理對紅外光譜都有影響，因此這些條件需要制作標準化操作規程。

其次，樣品預處理過程中的非同源性和變異性(如樣品量、菌膜的干燥程度等)以及測量因素(如樣品呈顆粒引起的光散射等)都會影響紅外光譜圖。 因此需要對同一樣品進行多次測量，以確保紅外光譜圖的重現性。

第三，進行紅外鑒定的未知樣品的可信度是建立在參考光譜的譜庫可信度的基礎之上。因此參考菌株必須使用可靠的方法鑒定。否則，譜庫中的不正確信息會導致最終鑒定結果的偏差。將多個顯著的光譜區域組合起來，可構建已知細菌菌株的數據庫。為了對未知細菌進行分類和鑒定，將光譜信息與已知細菌的參考數據庫進行比較，顯示光譜模式與未知菌株匹配的微生物。不同微生物光譜的相似度也可以用樹狀圖的形式進行圖形化描述。